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这样一来，张勇和线国安的判断出现偏差便是很自然的事情，再加上他们轻视了云南这亚热带雨季的厉害，弄得兵疲将乏。又急于结束这场艰难的征讨，更有昆明方面的催促，失败的绞索便越来越紧，牢牢地套在了他们的脖子上。
而张勇和线国安却并没有这个觉悟，他们派出的精锐部队传回来的消息也在加深他们的误判。精锐前锋被明军结寨阻挡，但只是一天，便趁夜撤退，显然在给腾冲的伪宗室争取逃跑的时间。
与逃入缅甸的伪帝永历及君臣是一个德性。张勇和线国安不禁冷笑鄙视。伪宗室留守为圣旨所迫，不得不装出个样子，现在目的基本达到，还不得仓惶而逃，跑到边远之地苟延残喘。也好，占领腾冲就意味着此次军事行动划上了句号，终于可以结束这令人备感折磨的征讨了。
而军中瘟病的蔓延流行，此时正牵扯着张勇和线国安的主要精力，显然他们不知道那句丛林格言，“要战胜敌人，先战胜疾病”。
丛林地带植被茂密，有毒植物四处滋生，虫兽繁多。杂草丛生及温热的环境利于霍菌和病源微生物大量繁殖，致使各种疾病流行。如痢疾、疟疾、肝炎、勾端螺旋体、乙型脑炎、恙虫病、霍乱和各种虫咬性皮炎，还有由于疲劳、潮湿而引起的综合疲劳症和“三烂”（裆、脚、手）等，使清军出现了大量非战斗减员，而且随着时间的延长，瘟病有愈演愈烈的态势。
也别说张勇和线国安没有预料到丛林环境的险恶，依据当时的医疗水平，他们也确实没有什么有效的办法来防范。要知道，即便到了二战时期的依姆法尔战役，日军由于忽视丛林伤病的急救与防护，战斗中几乎100的人员都患了疟疾，部队病员与伤员的比例最高达到6∶l；而法国军队在侵越战争的五年中，患疟疾、痢疾的人数占部队总数的42.2，病死的人数为战死人数的四倍。
当然，丛林环境对明军也有影响。但朱永兴依靠后世的知识，提前采取了一系列的措施：让士兵多嚼吃槟榔、茶叶、大蒜；睡觉用蚊帐，没有蚊帐就涂抹大蒜汁或薄荷叶汁；军营中多修厕所，不许随地便溺；不喝生水，不吃不洁食物，饭前便后要洗手，勤洗澡，病员隔离，撒石灰等等。这些后世小学生可能都知道的防范医治措施，再加上有青嵩熬水的偏方，以及郑氏马帮搞来挖来的药材，使得明军的境况要比清军好得很多，士气也逐渐超过了清军。
从这些情况综合来说，张勇和线国安作出孤军挺进的策略，一部分原因是基于自己的判断，另一方面也确实是清军异常疲弊，带着伤病员和辎重继续前行，有着很大的困难。
但这些困难并未被昆明重视，满洲将领骄横，对于绿营和汉军低看一等，对他们的作战，只重结果，不看过程；而洪成丑认为大势已定，朝廷对吴三桂等人的安排也已经确定，老汉奸自觉老迈，体衰多病，便乞旨回京休养了；吴三桂呢，得到了驻镇云南的旨意，虽然离他的预期有些距离，但吴三桂还是准备利用朝廷所给予的权力，极力扩充和发展自己的势力，而这样的准备无疑当以军队为先。
其实，无论是顺治，还是议政王大臣，在授予吴三桂等人留镇特权的时候，都都强调此系临时办法。主要考虑到云贵、两广、福建新近开辟，情况复杂，局势还不够稳定，不得已而行此暂时办法，希图借助他们的威望和兵力来尽快恢复和确保正常的社会秩序。实际上，“三王”的统治在某种程度上就是一种军事管制。
但吴三桂老奸巨滑，借着云南初定，形势不稳之机，向清廷上奏，请设“云南援剿四镇”，在军事组织上安设重要将领为一个方面的统帅。按照吴三桂的设想，这援剿四镇并不驻扎在昆明，而是要分驻在云南的四个重要地区：武定府，曲靖府，楚雄府，洱海卫（祥云）。一镇之兵为马兵六百，步兵一千五，守兵九百，共是三千人。最重要的是，这四镇之兵均隶属于吴三桂，等于是他要扩充自家人马。
由于云南刚刚平定，极需要加强军事防守，这符合清朝的根本利益，故吴三桂认为请设四镇很快便会得到批准。但他也知道，清廷虽然对他提议、提名的四镇将帅人名不会作梗，可一定会有些制衡手段，比如作命一批武职人员充任云南各地区的军事长官。
张勇率领的甘陕绿营能不能被留在云南，归他调遣、被他吸收尚未可知；线国安是广西提督，所率汉军也是孔有德旧部，那是肯定要回去的。所以，在清廷的旨意下达前，吴三桂对在腾冲的军事行动并不是很关心。甚至他还有那么点小期待，希望伪明宗室留守得以逃脱，继续折腾。
这样一来，吴三桂便可以再向朝廷请奏，名正言顺地改编投诚的明军降卒，甚至连组建方案都设计好了。初设两大系列营，分别命名为“忠勇营”、“义勇营”。在这两大营中，再各分设中、前、后、左、右五营，总共计十营兵马。每大营马步兵初定为六千，这么一来，又是一万两千的军队掌握在吴三桂手中。
吴三桂之所以急于扩充军队，实在是因为他手中的兵将并不充足。除了很快便可以成立的援剿四镇和计划中的“忠勇”与“义勇”两大营外，属于他直接掌握的军